San Clemente a été transformé d'un hospice pour des pélerins dirigés vers les Terres Saintes en monastère.
Pendant l'âge de la République de Venise les doges habituellement sont allés là rencontrer des personnalités importantes, mais de 1630 quand l'île a été frappée par peste San Clemente a été employé comme dépôt militaire.
